Bij functionele maagklachten kunnen artsen een behandeling met een TCA of een SSRI overwegen. Dit staat in de herziene richtlijn Gastro-oesofageale refluxziekte. Er zijn aanwijzingen dat neuromodulatoren een positief effect hebben op de klachten. Protonpompremmers werken doorgaans onvoldoende. In de richtlijn wordt ook ingegaan op langdurig behandelen met protonpompremmers bij gastro-oesofageale refluxziekte.